L-谷氨酰胺提取精制上的困难主要来自以下几个方面。

（一）L-谷氨酰胺化学性质不稳定

L-谷氨酰胺在热水、酸、碱中易水解为谷氨酸或吡咯烷铜羧酸，因此，L-谷氨酰胺的提取精制必须是在温和的条件下进行。

（二）L-谷氨酰胺广泛的生物学营养

L-谷氨酰胺生物学功能广泛。上至人类，下至细菌都离不开L-谷氨酰胺，因此，在分离纯化过程中，如果不注重分离纯化的环境质量，外界微生物会利用发酵液中的L-谷氨酰胺，放置时间越长，最终的收率越低。另外，发酵液出罐后，理论上应该立即除去菌体，因为在发酵结束后，发醇菌株也会反过来利用已产生的L-谷氨酰胺，同时，整个分离纯化过程应当在化温下进行。

（三）高浓度的硫酸镑对提取精制的影响

L-谷氨酰胺发酵需要不断地向发酵菌液中通氨，以补充不断消耗的铵离子和条件PH，因此，在发酵结束后，发酵液中会有高浓度的硫酸铵。目前，分离纯化氨基酸，大部分都会选择离子交换，实验也证明离子交换在分离纯化氨基酸有很好的效果。但L-谷氨酰胺由于化学性质不稳定，在高浓度的硫酸钱下，其在离子交换柱上由于酸碱条件部分分解成谷氨酸，进而影响最后的收率。