动物体内存在着锰浓度的稳衡机制，随着动物摄入不同锰含量的饲粮，机体会通过锰的吸收和排泄将体内的锰含量保持在一个稳定范围。畜禽体内的锰主要是通过肝脏分泌的胆汁经粪便排出体外，而一但胆汁排泄受阻，或体内含锰量过高时，胰腺会通过増加胰液中锰含量来增加锰的排泄。除此之外，锰也可以通过十二指肠、空肠肠壁等辅助途径进行排泄。肾脏是锰的主要贮存器官但是由于锰主要化存在肾皮质和肾小管的上皮细胞中，所以尿中几乎不排泄锰。