动物体内的锰含量很低，由于肠道中各种金属离子的相互作用，锰在肠道中吸收缓慢，吸收率较低。不同动物对锰的吸收率和吸收部位不同，有研究认为，二价离子通过载体蛋白被肠道吸收，多种离子易产生竞争，因而Mn²⁺的吸收可以被Ca²⁺、Fe²⁺等离子抑制，同样的，Mn²⁺也可以抑制Ca²⁺、Fe²⁺等离子的吸收。一般认为锰在十二指肠中被吸收进入体内。而Ji等用不同螯合强度的有机锰研究肉仔鸡吸收的试验发现回肠是锰吸收的主要部位。禽类相较于哺乳动物由于锰对家禽有特殊的营养作用因而对锰的需要量较高，但是吸收效率不理想，禽类肠道对锰的吸收和消化受饲粮中锰的浓度及形态影响程度较髙。锰被动物肠道吸收后大部分会随着血液运输到肝脏，之后其中一部分被氧化成Ｈ价与铁传递蛋白结合通过转运进入体组织中。另一部分经a2－巨

球蛋白和白蛋白结合进入血液循环，汇集到线粒体丰富的组织中。研究发现从胃内排出的二价锰离子，通过DMT1才能跨越小肠绒毛进入细胞内部，DMT1是其唯一的载体蛋白，并且该蛋白在十二指肠和肾脏表达最高，这似乎可以证明锰是经十二指肠吸收进入细胞内的。而锰的吸收往往也会受到饲粮中其它微量元素、常量元素、纤维以及植酸等多种因素影响。另外，对哺乳动物而言被转运进入细胞的锰可能是通过肠上皮细胞基底膜上的膜铁转运蛋白（FPN1）由细胞内转出进入血液循环系统。